Franciszek Nowotny urodził się w Wieliczce 8 września 1872 r. Był synem Bogumiła, sędziego Sądu Powiatowego, i Zofii z domu Lögler. Gimnazjum Klasyczne im. św.Jacka w Krakowie ukończył w 1891 r. Dyplom doktora wszech nauk lekarskich uzyskał na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego 31 marca 1897 r. Przez ponad trzy lata zdobywał wiedzę ogólnolekarską, pracując w charakterze stażysty i asystenta w oddziałach dziecięcych, zakaźnym i laryngologicznym w Szpitalu Powszechnym św. Łazarza oraz w Oddziale Chorób Wewnętrznych u prof. Pareńskiego w Szpitalu św. Ludwika w Krakowie. Stanowisko asystenta Kliniki Laryngologicznej UJ w szpitalu Powszechnym św. Łazarza, kierowanej przez prof. Przemysława Pieniążka, objął 1 października 1900 r. Wiedzę laryngologiczną zdobytą w krakowskiej Klinice Laryngologicznej uzupełnił studiami z dziedziny otiatrii w klinice prof. Adama Politzera w Wiedniu. Habilitował się 31 stycznia 1906 r. w dziedzinie laryngologii, rynologii i otiatrii na podstawie wykładu habilitacyjnego pt. „Migdałki jako wrota zakażenia” i uzyskał tytuł docenta prywatnego. Będąc pierwszym w kraju docentem otiatrii, rozpoczął wkrótce wykłady z tej specjalności jako oddzielnego i obowiązkowego przedmiotu dla studentów medycyny. Wykłady opracowywał zawsze sumiennie i wygłaszał jasno, z poczuciem gruntownej znajomości przedmiotu. Bezpłatnym profesorem tytularnym został mianowany 14 kwietnia 1910 r. Po śmierci prof. Pieniążka, 15 czerwca 1916 r. objął tymczasowe kierownictwo Kliniki Laryngologicznej UJ, którą kierował do czerwca 1919 r., kiedy to przekazał kierownictwo Kliniki prof. Aleksandrowi Baurowiczowi. Nominację na rzeczywistego profesora nadzwyczajnego otolaryngologii otrzymał 31 lipca 1919 r. Po oddzieleniu otologii od laryngologii i podziale pomieszczeń oraz wyposażenia kliniki na równe części, mocą decyzji z 11 marca 1920 r., wydanej przez specjalnie powołana komisję laryngologiczną Rady Wydziału Lekarskiego UJ, został kierownikiem Kliniki Otologicznej, a kierownictwo Kliniki Laryngologicznej objął prof. A. Baurowicz.

Profesor Nowotny dbał o rozwój swojej wiedzy fachowej, wyjeżdżając co roku do zagranicznych ośrodków naukowych. Brał udział w zjazdach otolaryngologów niemieckich i utrzymywał międzynarodowe kontakty naukowe. Z zagranicznych wyjazdów naukowych przywoził do kraju nowe poglądy i tematy do pracy naukowej. W pracy klinicznej zawsze dążył do stosowania najnowszych środków leczniczych, w których wyborze był niezwykle krytyczny, oraz najnowszych metod operacyjnych, wprowadzając często własne pomysły i udoskonalenia, które przychodziły mu z wielką łatwością. Jego zdanie jako diagnosty w powikłanych przypadkach chorobowych było zawsze wyrokujące. W 1907 r. jako pierwszy zastosował i następnie propagował zmodyfikowaną, nazywaną zachowawczą, operację doszczętną ucha środkowego w niektórych przypadkach perlaka ucha. Tej metody nie opublikował, a podobny sposób postępowania operacyjnego opisany przez autorów zagranicznych kilka lat później rozpoczął nowy etap rozwoju chirurgii otologicznej. Należy go uważać za prekursora zabiegów poprawiających słuch.

Jego dorobek naukowy obejmuje 14 publikacji w języku polskim i niemieckim o charakterze sprawozdawczym, statystycznym i kazuistycznym, w których przekazał nowe i oryginalne spostrzeżenia i myśli oraz omówił stanowisko krakowskiej Kliniki wobec rozwijających się w owym czasie nowych metod badania i leczenia chorób górnych dróg oddechowych, w której to dziedzinie Klinika była w świecie naukowym poważnym autorytetem. Profesor omówił technikę wydobywania ciał obcych z dróg pokarmowych i oddechowych, a zawarte opisy trudnych usunięć ciał obcych dowodzą jego niezwykłej wprawy i zręczności w technice bronchoskopowej. Zastosował bronchoskopię i rozpylanie kokainy z adrenaliną na błonę śluzową oskrzeli do leczenia ataków astmy oskrzelowej i omówił wyniki tej nowej, przez siebie opracowanej metody w pismach polskich i niemieckich. W ostatnich latach życia zajmował się badaniami fizjologii ucha, których nie ukończył.

Był niezwykle uzdolnionym człowiekiem. Obszerną swoją bibliotekę medyczną ofiarował Towarzystwu Lekarskiemu Krakowskiemu, którego był członkiem.

Zmarł 31 grudnia 1924 r. w wieku 52 lat. Pochowany został na Cmentarzu Rakowickim.

Związek małżeński zawarł z Zofią Browicz, córką Tadeusza, profesora anatomii patologicznej UJ. Miał córkę Annę, zamężną Rudowską, inż. rolnika, i dwóch braci: Bogumiła i Juliana.

Piśmiennictwo
1. Laskiewicz A.: Ś.p. Dr Franciszek Nowotny (1872–31.XII.1924). Pol. Przegl. Oto-laryng. 1924, 3-4, 216-217.
2. W.B.: Ś.p. Prof. Dr Franciszek Nowotny. Pol. Gaz. Lek. 1925, 6, 120.
3. Słow. Biogr. Wrocław etc. 1978, 23, 394-395.
4. Miodoński J.: Historia Kliniki Oto-Ryno-Laryngologicznej w Krakowie. W: Sześćsetlecie medycyny krakowskiej. Kraków 1964, II, 550-560.
5. Sekuła J. i in.: Historia Kliniki Oto-Ryno-Laryngologicznej w Krakowie. Otolaryng. Pol. 1986, 4, 296-314.